Nanoroboter sind relativ empfindlich gegenüber äußeren Einflüssen. Hitze oder radioaktive Strahlung kann sie durch Entladung ihrer Energiereserven schnell deaktivieren oder durch Beschädigung ihrer Feinwerkzeuge funktionsunfähig machen. Bei Naniten, die sich in Gasen bewegen, können extrem feine Staubpartikel oder Nanoschrott die Antriebssysteme beschädigen und so ebenfalls für einen Ausfall sorgen.

Zuletzt reagieren Nanoroboter relativ empfindlich auf verschiedene chemische Reaktionen. Durch ihre kompakte Bauweise reicht es in der Regel, nur die äußersten Atomschichten eines Roboters anzugreifen oder zusätzlich mit weiteren Lagen zu beschichten, um wichtige Funktionen wie Sensoren, Kommunikationssysteme oder Manipulationswerkzeuge funktionsunfähig zu machen. So verwundert es nicht, dass viele, besonders sicherheitskritische Systeme inzwischen auf chemische Art und Weise geschützt sind, um Angriffs- oder Spionageversuche mit Naniten abzuwehren.

Auch wenn es vor allem beim Militär Nanitentypen gibt, die resistent gegenüber vielen schädigenden Einwirkungen sind, so haben selbst die stabilsten und robustesten Naniten große Probleme, wenn sie mit zusätzlichen Atomlagen "eingewickelt" oder "festgeklebt" werden.