Nanitenprozesssysteme (NPS; nanite processing system) befinden sich momentan noch im Forschungsstadium, und es steht noch nicht fest, ob sie eine neue Computergeneration begründen können oder nur eine Spielerei der Wissenschaftler sind. Als Grundlage dieser Prozesssysteme dient ein Behälter, in dem mehrere Millionen spezieller Mikroroboter, sogenannte Naniten, für die Berechnungen genutzt werden. Hierbei gibt es einige, welche speziell für die Schnittstelle über ein feines Elektrodennetz nach außen kommunizieren können, während der Rest ausschließlich für die Berechnungen des Systems genutzt werden. Die einzelnen Naniten besitzen dabei eine einfache Form selbstmodifizierbarer Programme und nutzen als Hardwarearchitektur häufig DEQPN's oder PEPS. In diesen Systemen sind die Naniten frei beweglich und können untereinander kommunizieren, womit die einzelnen Prozesseinheiten weder eine feste Verschaltung, noch eine gemeinsame Taktung oder sequenzielle Programmabläufe vorweisen müssen. Da jeder Nanit seinen eigenen Speicher besitzt, ist auch die Trennung von Speicher und Prozesseinheit in gewissem Maße abgeschafft.

Ein NPS ist trotz der seltsam anmutenden Architektur ungewöhnlich leistungsfähig, neigt aber dazu, Anfragen in einer häufig unerwarteten Art aufzufassen und zu beantworten. Momentan laufen NPS noch nicht stabil genug, als dass sie kommerziell vertrieben werden können. Die Unionsregierung hat im Jahr 2295 außerdem Bedenken bezüglich der freien Verfügbarkeit dieser mächtigen Technologie geäußert. Benötigen NP-Systeme zusätzlichen Speicher für externe Datenübertragungen, so werden bevorzugt QCM, EMRAM oder PRAM genutzt.